Цитата: Если это дополнительный отпуск
Это не отпуск. В главе 19 "Отпуска" ТК РФ такой отпуск не поименован.
Соответственно, нет обязанности за 3 дня выплатить отпускные.
Цитата: и сохраняется средний заработок
Да, вы должны сохранить средний заработок. Обязанность сохранить средний заработок на период диспансеризации установлена ст. 185.1 ТК РФ. Данная статья относится к Главе 28 ТК РФ "ДРУГИЕ ГАРАНТИИ И КОМПЕНСАЦИИ". В данной статье, помимо обязанности сохранить средний заработок на период диспансеризации, установлена обязанность сохранить средний заработок для прохождения мед.осмотра, пза дни сдачи крови (донорам), т.д.
Цитата: Возникает ответственность сразу оплатить НДФЛ
Обязанность оплатить НДФЛ возникает.
Но повторюсь, что средний заработок за дни диспансеризации - это не отпуск. Вы начисляете средний заработок, но выплачиваете в установленные для выплаты зарплаты дни.